Dalam beberapa hari selepas berlakunya serangan ini, upacara memperingati mangsa diadakan hampir di seluruh dunia.[250][251][252] Selain itu, orang ramai mengirim gambar foto mangsa yang maut atau hilang di sekitar Ground Zero. Seorang saksi mengakui kemustahilan "mengelakkan wajah-wajah mangsa korban yang tidak bersalah. Gambar-gambar mereka di sana-sini, di pondok telefon, lampu jalan, mahupun dinding stesen bawah tanah. Segalanya umpama sebuah upacara pengebumian besar-besaran, semua orang berasa serba senyap dan sedih, tetapi juga berbudi. Sebelum ini, New York memang dingin perasannya; sekarang orang ramai menghulurkan tangan untuk saling membantu.”[253]

Salah satu tugu peringatan yang terawal buat tragedi ini ialah Tribute in Light (Penghormatan dalam Cahaya), suatu pasangan 88 biji lampu cari di tapak menara World Trade Center yang memancarkan sepasang sorotan cahaya yang menegak ke angkasa.[254] Di New York, sebuah pertandingan diadakan untuk mereka bentuk sebuah tugu peringatan yang sesuai untuk tapak kejadian.[255] Reka bentuk yang menang, iaitu Reflecting Absence (Bayangan Ketiadaan), dipilih pada Ogos 2006, dan terdiri daripada sepasang kolam pembayang di tapak menara, dikelilingi oleh senarai nama-nama mangsa dalam ruang tugu di bawah tanah.[256] Rancangan untuk membina muzium di tapaknya telah ditangguhkan ekoran pembatalan projek Pusat Kebebasan Antarabangsa atas sebab menerima aduan daripada ramai saudara-mara mangsa.[257]

Tugu Peringatan Pentagon siap dibina dan dibuka kepada umum pada ulang tahun ketujuh kejadian, iaitu 11 September 2008.[258][259] Ia terdiri daripada sebuah taman lanskap dengan 184 buah bangku yang menghadap Pentagon.[260] Apabila Pentagon dibaik pulih pada tahun 2001–2002, ia dilengkapi oleh sebuah gereja kecil persendirian dan memorial dalaman yang terletak di titik hempasan Penerbangan 77.[261]

Di Shanksville, sebuah Tugu Peringatan Kebangsaan Penerbangan 93 dirancangkan berupa sedusun pokok yang membentuk bulatan di keliling tempat hempasan yang dibelah dua oleh laluan pesawat, dengan peranggu loceng angin yang dicap nama-nama mangsa.[262] Sebuah tugu peringatan sementara terletak 500 ela (457 m) dari tapak hempasan.[263] Pihak bomba Bandar Raya New York mendermakan sebuah tugu peringatan kepada Jabatan Bomba Sukarelawan Shanksville. Ia berupa palang buatan keluli dari sisa-sisa World Trade Center dan tercagak di atas pelantar yang berbentuk Pentagon.[264] Ia dipasang di luar balai bomba pada 25 Ogos 2008.[265]

Di tempat-tempat lain juga didirikannya tugu-tugu peringatan tetap, serta juga badan-badan amal dan biasiswa oleh saudara-mara mangsa, di samping banyak lagi pertubuhan dan tokoh-tokoh individu.[266]

Pada setiap hari ulang tahun, di Bandar Raya New York, nama-nama mangsa yang terkorban di lokasi tersebut dibacakan berlatarkan muzik yang sayu. Presiden Amerika Syarikat juga menghadiri upacara peringatan di Pentagon.[267] Upacara kecilan turut diadakan di Shanksville, Pennsylvania.

Tempat persemadian akhir para mangsa WTC

Berikutan kejadian serangan itu, Kambus Tanah Fresh Kills di Staten Island dibuka semula buat sementara waktu untuk menerima dan memproseskan kebanyakan reruntuhan puing kemusnahan World Trade Center. Reruntuhan ini mengandungi tinggalan jasad ramai mangsa; kebanyakannya dalam bentuk habuk dan cebisan kecil. Pada Ogos 2005, 17 orang plaintif yang mengaku mendapat sokongan daripada 1,000 saudara-mara lain, memfailkan kes di mahkamah untuk menggesa pihak Bandar Raya New York memindahkan hampor sejuta tan bahan-bahan dari kambus tanah Fresh Kills kepada sebuah lokasi lain di mana ia boleh diayak dan dikebumikan dalam tanah perkuburan. Norman Siegel, peguam bagi pihak plaintif, berkata "Pokoknya adalah begini: Adakah kita bersedia untuk membiarkan ratusan anggota badan dan jasad manusia di dalam longgokan sampah?" James E. Tyrrell, peguam yang mewakili pihak bandaraya pula berhujah "Anda mesti mampu memperincikan dan menyatakan yang mana satu anggota badan anda. Yang tinggal sahaja di sini ialah setimbun habuk yang tidak dibeza-bezakan."[268][269]

Pada 26 Mac 2010, para keluarga mangsa 9/11 menerima pemberitahuan bahawa pihak bandaraya akan menjalankan operasi pengayakan untuk tinggalan-tinggalan jasad mangsa World Trade Center di kambus tanah Fresh Kills. Operasi ini dijadualkan memakan masa tiga bulan pada kos dianggarkan $1.4 juta. Para ahli antropologi dan pakar-pakar terlatih yang lain akan menilai dan mencari bahan-bahannya secara teliti, dan yang kemungkinan besar tinggalan manusia akan dihantar untuk ujian selanjutnya di makmal-makmal Pejabat Ketua Pemeriksa Perubatan.[270]

Pada 4 Oktober 2010, Mahkamah Agung Amerika Syarikat menolak rayuan oleh sebilangan keluarga mangsa 9/11 untuk mendesak pemeriksaan bahan tapak WTC yang lebih teliti untuk mencari tinggalan manusia sebelum dilupuskan semula. Mereka mendakwa bahawa sesetengah bahan itu (223,000 tan daripada sejumlah kira-kira 1.65 juta) sama ada langsung tidak ditapis atau tidak ditapis secukupnya, dan berhujah bahawa kambus tanah tidak sesuai sebagai tanah persemadian untuk bahan-bahan yang mungkin masih mengandungi tinggalan jasad mangsa. (Menurut rekod mahkamah, tinggalan jasad kira-kira 1,100 daripada 2,752 orang yang terbunuh di tapak masih belum ditemui atau dikenal pasti.) Para pegawai bandaraya menyatakan bahawa mereka telah menghabiskan sekitar 10 bulan meneliti bahan-bahan berkenaan untuk mencari tinggalan jasad manusia sebelum menghantarnya balik kepada kambus tanah. Mahkamah persekutuan rendah sudah pun menolak tuntutan mahkamah oleh para keluarga itu terhadap pemerintah Bandar Raya New York.[271]